1、原位鉴定细胞或组织内的生物大分子物质，如蛋白质、核酸、多肽、激素、受体等；

2、观察细胞和亚细胞形态结构，对细胞器进行观察和测定；

3、检测荧光原位杂交信号，细胞凋亡，检测细胞间缝隙的连接通讯等；

4、对活体细胞或组织功能进行实时动态的检测；

5、检测细胞内活性氧物种的产生；

6、检测药物等跨膜进入组织或细胞的过程及定位分析；

7、检测荧光漂白恢复及荧光共振能量转移。