主要用于蛋白质组学的相关研究：

1、凝胶图像处理和双向电泳数据库　　蛋白质的双向电泳显示了众多的蛋白质斑点，用图像扫描仪、荧光测定仪等采集原始图像，经背景和污点的校正，滤掉一部分背景及去除部分水平和垂直条纹，把凝胶上的蛋白质点数字化，得到斑点面积，每点相对黑度等参数。根据标准蛋白得到每个蛋白斑点的等电点和相对分子量，这就可建立数据库。

2、减法分析　采用减法分析可以阐明生物学变化相关的蛋白质，如疾病相关的蛋白质。双向电泳的最大优势在于它可对一系列复杂的蛋白质进行分析,而不仅仅是某一个蛋白质的变化。

 

3、双向凝胶电泳蛋白质点的矢量图　 翻译后修饰和加工对蛋白质的正常生理功能是必需的，其变化往往与疾病的发生相关。如果将双向电泳位置与理论预测位置连一直线，即为该蛋白的矢量，如果一个蛋白有多个矢量，表明该蛋白可能有多个翻译后修饰。